La deuxième phase du conflit s'étend du franchissement du Col de Pamir par l'Armée de Dieu, le 25 avril 1921, jusqu'à la conclusion des pourparlers entre Yang Zengxin et les Bolchéviques le 29 juin suivant.
A l'ouest
L'essentiel des événements a lieu à l'ouest du Sinkiang pendant cette deuxième phase. Sous la direction des Sœurs Katyushka, une armée hétéroclite d'indiens musulmans, d'afghans, de tibétains et de bolchéviques, ont heurté les défenses chinoises dans les hautes vallées du Pamir dès le 3 mai. Victorieuse lors de cette première rencontre, puis à nouveau le 9 mai, et encore une fois le 18 mai, l'Armée de Dieu posait rapidement une menace pour Kashgar elle-même.
Cependant Yang Zengxin a exhorté ses troupes Hui à défendre leur nouvelle patrie, et a envoyé des unités fanatisées de Dare to Die terroriser l'adversaire. Cet effort de guerre a porté ses fruits, avec une grande victoire à moins de 100km à l'ouest de Kashgar, le 28 mai 1921.
Les Bolchéviques ne s'attendait pas à un adversaire aussi coriace, capable de leur infliger d'importantes pertes. Kashgar n'était pas l'objectif initial, et au final semblait hors d'atteinte. Les Sœurs Katyushka ont accepté l'invitation de Yang Zengxin à pourparler. Le Gouverneur de Sinkiang a déployé un grand faste pour les accueillir, et leur montrer, pendant plus d'un mois, toute la bonté de ces contrées. Les deux sœurs profitent pour faire reposer leurs hommes et réparer leurs véhicules après l'harassant passage des Pamirs, et pour nouer des contacts avec des tribus musulmanes des environs.
Lorsque Yang Zengxin apprend la nouvelle d'une importante victoire à l'est, et la raffermissement corollaire du gouvernement de Turfan, il peut conclure les pourparlers, en suggérant aux Sœurs Katyushka de prendre la route du nord pour affronter les Blancs directement et sans détour. Il leur offre cartes, guides, vivres et munitions, ainsi qu'un soutien militaire une fois parvenus au nord de Turfan. Sa proposition convient aux Bolchéviques, qui se mettent en marche le 29 juin 1921.
A l'est
La rumeur dans les marches orientales du Sinkiang, est à l'arrivée de nouveaux seigneurs de guerre, vainqueurs dans la Chine centrale. Pour l'instant la réalité de la cruelle présence de Yang Zengxin est plus forte que la peur d'une rumeur, dans les villes de Turfan ou de Hami, mais cela ne saura durer.
En dehors de ce remue-ménage, la période est plutôt calme, avec seulement des escarmouches sans réelle conviction aux abords de Yanqi, et de Turfan. Les Russes Blancs constatent toutefois que les Turfanais ne s'aventurent plus très loin de leurs murs, signe d'une certaine hésitation.
Soudain, le 10 juin une force chinoise quitte Yanqi en direction de l'est. Elle emploie des tactiques nouvelles, en la forme d'une colonne motorisée. Cela surprend les Russes d'Urumchi, qui sont bousculés le 16 juin. La route entre Yanqi et Turfan se rouvre opportunément, et cinq mille Hui férocement loyaux à Yang Zengxin viennent s'installer dans la ville oasis.
Le maitre du Sinkiang continue de montrer ses capacités d'homme politique, et celles de seigneur de guerre qui l'avaient propulsé à cette fonction. Kashgar est sauve et l'Armée de Dieu a été canalisée, du moins pour le moment. Ses fidèles ont été considérablement renforcés à Turfan et des exécutions sommaires parmi les hommes au pouvoir dont la loyauté avait vacillé, envoient un signal fort à Hami.
